Wiosną każdego roku rolnik występuje do wybranej jednostki certyfikującej (w Polsce jest ich jedenaście) z wnioskiem o przeprowadzenie kontroli gospodarstwa. Inspektorzy pojawiają się zazwyczaj na przełomie czerwca i lipca.

Rolnik jest zobowiązany do przygotowania potrzebnych dokumentów, między innymi kompletu faktur na zakupione w danym roku nasiona, nawozy oraz środki ochrony roślin. Inspektor sprawdza zgromadzoną dokumentację i przeprowadza lustrację pól i upraw.

Na podstawie dokonanej kontroli sporządza szczegółowy protokół, który umożliwia ocenę zgodności produkcji z wymogami gospodarstwa ekologicznego. Jest on podstawą do wydania CERTYFIKATU na dany rok przez jednostkę kontrolującą, potwierdzającego asortyment i ilość wytwarzanych produktów.

Aktualny certyfikat powinien być zawsze dostępny dla klienta, a jego numer, nazwa jednostki certyfikującej (w naszym przypadku jest to EKOGWARANCJA), nazwa i adres producenta powinny się znajdować na etykiecie każdego produktu „bio”.